A história se passa em Londres no ano de 1887, sendo narrada por um jovem de 25 anos chamado Lúcius que se encontra com Garoto chamado Thomas e seu servo Kamazaki que o trasforma em uma Puppet,virando a pessoa conhecida como Emishi.
Perde suas memórias e sentimentos virando uma marionete com o propósito de obedecer as ordens de seu mestre, escrevendo em um livro tudo que é ocorrido.
O diário de Emishi é uma história com muitos mistérios sendo que cada personagem carrega um ar misterioso diferente.